个性化全基因组测序方法可以使罕见疾病的诊断率提高一倍

伦敦大学学院研究人员领导的一项新研究发现,针对个体患者进行全基因组测序分析可以使罕见疾病的诊断率提高一倍。

2018年,英国卫生部宣布推出NHS基因组医学服务,允许罕见疾病患者读取其整个遗传密码,以期提供急需的诊断。

然而,对这些数据的解释可能极具挑战性,许多患有复杂、罕见遗传疾病的人仍然没有得到其问题原因的分子答案。

在《自然通讯》杂志上发表的这项研究中,伦敦大学学院皇后广场神经病学研究所伦敦线粒体中心和伦敦大学学院大奥蒙德街儿童健康研究所的研究人员试图为此类患者提供更高的接受基因诊断的机会。

为此,他们测试了如何使用由专科医生、生物信息学家和科学家组成的基因组医学团队来提高 NHS 诊断实验室的能力,超越标准的半自动数据分析。伦敦大学学院团队重新评估了未确诊的病例,以找出可能有助于指导进一步、更个性化分析的线索。随后,他们应用了其他生物信息学方法,利用先进的计算机技术来识别患者 DNA 中可能导致疾病但在常规测试中被忽视的基因改变。

这项工作包括 102 名疑似患有原发性线粒体疾病(影响儿童和成人的无法治愈的遗传性疾病,与广泛的医疗问题、严重残疾和寿命缩短有关)的 102 名未确诊患者,他们接受了全基因组测序通过 NHS 的 100,000 基因组计划进行测序。

这种个性化方法将诊断率从 16.7% 提高到 31.4%。它还在另外 3.9% 的患者中检测到了潜在的致病变异。

主要作者 Robert Pitceathly 博士(伦敦 NHS 罕见线粒体疾病高度专业化服务联合负责人、伦敦大学学院皇后广场神经病学研究所研究组组长)表示:“NHS 在先进基因技术方面投入了大量资金。因此,英国已在诊断性全基因组测序领域处于领先地位。尽管如此,一些患有罕见遗传病的人在基因组分析后仍未能得到分子诊断。

“我们相信,对专业基因组医学团队的投资至关重要,可以确保公平地获得专门的多学科专业知识并最大限度地提高诊断率。我们研究中的患者平均等待诊断时间超过 30 年——我们现在有能力解决此类病例,但需要足够的资源劳动力计划支持 NHS 诊断基因实验室实现这一目标。”

接受基因诊断很重要,因为它可以让患者获得计划生育、专门的体外受精和药物试验的机会。它还可以允许对已知疾病并发症进行有针对性的筛查并获得药物研究。

Pitceathly 博士说:“在这项研究中,每一项新的基因诊断都会对患者护理产生直接影响。这包括对心脏问题、听力损失和糖尿病进行额外检查,以及参加临床试验。”

伦敦大学学院皇后广场神经病学研究所所长 Michael Hanna 教授表示:“这项工作是在开发最佳方法以最大限度地发挥基因组分析为患者带来的好处方面向前迈出的重要一步。它清楚地表明,通过将基因组分析的自动化方法与数据相结合,通过熟练的多学科团队的解释,诊断率会翻倍。这是一个重要的发现,将影响基因组医学诊断服务在全球范围内的发展。”

对患有罕见、复杂疾病的儿童和成人进行诊断可能是一个非常漫长的过程,而基因组医学为帮助实现这一目标提供了一种变革性的强大工具。

这项研究强调了专业临床医生和遗传科学家在解释基因组测序结果方面合作的重要性,以最大限度地提高做出诊断的机会,从而帮助指导医疗管理和治疗选择。”

詹姆斯·戴维森 (James Davison) 博士,大奥蒙德街医院代谢医学部合著者、英国遗传代谢病小组主席

参与这项研究的研究人员由医学研究委员会资助。

病人故事

雷切尔·诺斯(Rachel North)是参与试验的患者之一,她将诊断描述为“改变生活”。此后,她得以接受骨质减少等疾病并发症的筛查,并得到了治疗。

她说:“在过去的20年里,我去过很多家医院,也找了很长时间,我从来没有想过自己会得到诊断。

“想知道这个问题占用了我太多的精力,我担心我 12 岁的儿子,以及我的病情是否会影响他。因此,获得罕见的隐性诊断是一种解脱,消除了对未知的恐惧。

“有了诊断,我就可以研究自己的病情,并积极主动地进行管理。

“任何帮助我理解和理解我身体发生的事情的事情都可以帮助我接受它,并让我相信我正在尽可能地管理它。”

来源:

伦敦大学学院

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